海南医学院第二附属医院药学部是集药品供应管理、药品质量控制、合理用药指导及科研教学为一体的综合性药学技术服务部门，经过多年的努力，现已成为国家卫健委临床药师培训基地、国际合理用药网络中国中心组成员单位、卫生部抗菌药物临床应用监测网核心成员单位。科室致力于构建“以患者为中心、以临床合理用药为目标”的集药学服务、科研、教学为一体的省内一流药学专科。药学部下设办公室、临床药学室、药库、科研教学组、中心药房、绩效考核小组、质量控制小组、临床药师培训基地、门诊西药房、急诊药房、门诊中药房、静脉药物调配中心、审方中心、结核病药房、东湖药房等部门。